Ærøfærgerne A/S blev etableret 1. maj 2002 og var 100% ejet af Ærø Kommune. 1. april 2011 overgik Ærøfærgerne fra at være et aktieselskab til at være direkte kommunalt ejet.

Selskabets primære formål er, at forestå færgetrafikken mellem Ærø og Fyn/Langeland/Als, hvor selskabet står for besejlingen af de fire ruter.

Søby - Fynshav med færgen"M/F Skjoldnæs", Søby - Faaborg med færgen "M/F Søbyfærgen", Ærøskøbing - Svendborg med færgen "M/F Ærøskøbing", Marstal - Rudkøbing med færgen "M/F Marstal".

Ærø Kommune bestemmer priserne og sejlplanen. Ærøfærgerne udfører sejladsen.

95% af arbejdsstyrken er bosat på Ærø.

Ærøfærgerne driver selv cateringfunktionen ombord i skibene.